Susunan Organisasi Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Kutai Kartanegara menurut Perda Nomor 09 Tahun 2016 terdiri atas :
- Kepala Dinas;
- Sekretaris, membawahkan :
- Sub Bagian Umum dan Ketatalaksanaan;
- Sub Bagian Kepegawaian;
- Sub Bagian Penyusunan Program dan Keuangan.
- Bidang Pengelolaan Pembudidaya Ikan, membawahkan :
- Seksi Data, Informasi dan Penataan Ruang Pembudidaya Ikan;
- Seksi Pengendalian Lingkungan Budidaya dan Kesehatan Ikan;
- Seksi Tekologi Budidaya Pembenihan Ikan.
- Bidang Pemberdayaan Usaha Kecil Pembudidaya Ikan, membawahkan :
- Seksi Pendidikan dan Pelatihan Pembudidaya Ikan;
- Seksi Kemitraan, Akses Informasi dan Iptek Pembudidaya Ikan;
- Seksi Penguatan Kelembagaan Pembudidaya Ikan
- Bidang Pemberdayaan Nelayan Kecil, membawahkan :
- Seksi Pendidikan dan Pelatihan Nelayan Kecil;
- Seksi Kemitraan, Akses Informasi dan Iptek Nelayan Kecil;
- Seksi Pengutan Kelembagaan Nelayan Kecil.
- Bidang Perijinan, TPI dan Pengendalian Sumber Daya Ikan, membawahkan :
- Seksi Penerbitan SIUP dan TPKP;
- Seksi Pengelolaan dan Penyeleggaraan TPI;
- Seksi Pengendalian Sumber Daya Ikan.
- Unit Pelaksana Teknis Dinas; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.